人类的历史即其疾病的历史。传染病伴随着人类文明进程而来，并对人类文明产生深刻和全面的影响，甚至比战争、革命、暴动的影响还要更猛烈。历史学家们发现，在大部分有记载的历史中都找不到人类社会持续进步、后人的生活水平会比前人更高的观念。这其中的一个主要原因就是传染病的爆发。传染病使得人口数量无法持续增加，生产效率难以有效提高。大规模的瘟疫爆发甚至影响到历史的演进。

传染病首先会影响到经济发展。疾病摧毁了人们的身体，使得人们失去了工作能力或是无法提高生产效率。目睹瘟疫过后哀鸿遍野的悲惨场面，人们不由得发出“譬如朝露，去日苦多”的感慨。对寿命短促的预期使得人们失去了投资于人力资本的兴趣，而人力资本对经济发展是至关重要的。如果非洲国家的健康状况得到改善，每年的经济增长率至少会增加1.3个百分点。这意味着如果从现代化的起点（假设为1800年）算起，健康状况好的国家要比健康状况差的国家富裕13倍。世界卫生组织的一份报告也指出，东亚经济从20世纪60年代到80年代末的增长奇迹中，大约有1/3的贡献来自于健康状况的提高。

从短期来看，传染病只是一种外部冲击，对经济增长的影响不能高估，但是，疾病可能会影响到制度的演变，甚至文明之间的存亡。资本主义的兴起，其实和中世纪的黑死病有着紧密的联系。14-17世纪，黑死病肆虐欧洲长达300多年。1348－1349年，在短短的两年时间之内黑死病几乎传遍欧洲，有1/3以上的欧洲人口死于这场猝然降临的灾难。传染病的爆发使很多土地空闲出来以后，产权一下子就变得容易界定了：土地无主，谁占了就是谁的了。农奴逐渐获得了自由身份，成为自由劳动者。瘟疫爆发之后，实际工资提高而地租下降，在农民和地主的博弈中，地主的讨价还价能力逐渐受到削弱，这才给资本主义的兴起提供了机会。戴蒙德（Jared Diamond）在《枪炮、病菌和钢铁》一书中谈到，正是病菌而非枪炮帮助了欧洲人征服美洲。由于缺乏畜养家畜的经历，美洲人从来没有接触过许多由动物带给人类的病原体，对这些疾病完全没有抵抗能力。欧洲人战胜印第安人，靠的不是枪炮，因为那时候枪炮的技术并不发达，真正战胜美洲土著的是欧洲人带来的一连串瘟疫：1518－1526年天花流行，1530-1531年爆发麻疹，1546年斑疹伤寒、1558-1559年流感。据估计，95%的美洲原住民死于白人带来的疾病。如果说瘟疫毁灭了玛雅文明，可以说一点也不过分。当欧洲人在天花的帮助下，开始了在美洲的殖民统治。西班牙人首先掠夺了大量的金银，然后接管了印加（Inca）和（Aztec）的贡品制度，而且还在当地强迫劳工开发矿山。其他欧洲国家也相继采取类似手段，包括强迫奴隶从事大种植园的劳动。显然，如果没有快速的大量人口的下降和相关的社会崩溃，欧洲人征服美洲的进程将会缓慢得多，或许也没那么完全。相反，欧洲人对亚洲和非洲没有大的疾病上优势，因此欧洲对它们只能采取贸易的关系，比如东印度公司以及非洲的奴隶贸易，而且他们必须依靠与当地统治者的合作。因此，美洲和欧洲的疾病环境在欧洲征服美洲过程中扮演了首要的决定性的角色。

传染病对国家安全的影响也不容忽视。传统的现实主义国家安全观基本上忽视了传染病对国家安全的深刻影响，而是片面地关注国家间的战争、各国军事力量对比等等。但正如理查德.奥曼（Richard Ullman）指出的，“片面地从军事方面定义国家安全带来了对现实的深刻误解。这种误解使得国家仅仅考虑军事威胁而忽略了其他方面的、或许更为致命的威胁”。根据世界银行的报告《为健康投资》提供的资料，1990年死于传染病的全球死亡人数达1669万，占总体死亡人数的34.4%，而死于战争的人数仅为32万，占0.64%。死于传染病的人数是死于战争人数的50多倍。事实上，战争总是和传染病相联系。战争能够帮助传播疾病，比如第一次世界大战期间，随着军队的行程，流感随之在全球范围内爆发并导致大约4000万人口死亡。直到20世纪，在历次战争中死于瘟疫的士兵几乎都比死于敌手的士兵更多。这在很大程度上会影响作战的效率和士气。在很多时候，军队是被病菌而非敌人打败的。比如，明代万历和崇祯二次鼠疫大流行中，华北三省人口死亡总数至少达到了l000万人以上。在遭受鼠疫侵袭之后，北京城墙上，平均每三个垛口才有一个羸弱的士兵守卫。事实上，李自成进入北京城乃是不攻而克的。后来，清兵入主中原，在很大程度上亦是乘虚而入。

展望未来，必须看到，由于工业和其他工业的迅速膨胀，大规模污染问题层出不穷，21世纪传染病可能会卷土重来。首先，即使传染病在发达国家已经得到了相当有效的控制，但是在发展中国家，传染病仍然在为害人类的健康。欧洲每年死于传染病的人口仅占总死亡人数的5%，但是在非洲，60％以上的死亡人口是由于染上了传染病。随着经济全球化进程的进一步发展，发展中国家的传染病将随着商品和人员的跨国界流动传播到发达国家。其次，过去已经控制的疾病如霍乱、鼠疫、疟疾、肺结核和白喉等开始重新出现。原有的一些传染病如疟疾、登革热传播的范围大大扩大。再次，一些“新”的传染病粉墨登场：比如艾滋病（HIV/AIDS）、SARS、禽流感和这次引发世界恐慌的甲型H1N1病毒。

随着全球化的发展，人口日益在全球范围内流动，传染病也随之周游列国。携带病菌的病人从一个国家到达另一个国家，所需要的时间往往比传染病的潜伏期还要短。频繁的人口流动使得传统的隔离方式根本无法生效，也使得一国爆发的传染病会迅速地传播到其他地区。我们消费越来越多的加工食品，这些食品可能来自遥远的他乡甚至异国。在种植、采摘、加工、包装、运输、储存和销售等各个环节如果出现污染，都可能导致传染病传播。疯牛病和口蹄疫是非常著名的例子。气候等自然生态环境变化和生态系统失衡，可能恶化原有传染病或引发新的传染病。1860年以来，全球平均气温升高0.6℃，气温升高和降雨量增多，增加了传染病病原体生长繁殖的机会。生态系统失衡，环境质量下降，对人类健康造成危害。污染环境的有害物质，如废气、废水、废渣、放射性物质等的过度排放，不仅对生态环境造成污染，而且也会引起生物体变异，产生新的致病微生物，导致突发急性传染病的发生。   

尽管经济有了突飞猛进的发展、尽管科技有了日新月异的进步，但是人仍然只是一根脆弱的苇杆。正如威廉姆·麦可尼(William McNeill)在《瘟疫与人》中警告的：“才智、知识和组织都无法改变人们在面对寄生性生物入侵时的脆弱无助，自从人类出现，传染性疾病便随之出现，什么时候人类还存在，传染病就存在。传染病过去是，而且以后也一定会是影响人类历史的一个最基础的决定因素。”